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Bioinformatique et protéomique

Si la génomique vise l'étude systématique des gènes, la protéomique vise l'étude systématique des protéines. Pour autant, le terme « protéome » recouvre une réalité beaucoup plus difficile à saisir que le terme « génome », tant une protéine, codée par un gène donné, est susceptible de subir des modifications qui en modifient la structure et la fonction.

La tâche principale de toute approche protéomique est l'identification des protéines présentes dans la cellule à un instant donné dans des conditions données. Les approches à haut débit utilisent majoritairement la spectrométrie de masse. Ces dispositifs produisent des spectres qu'il convient d'analyser automatiquement compte tenu du débit de cette production.

La première partie de cet exposé introduit ces différentes notions.

La seconde partie de l'exposé vise à décrire les grandes lignes d'une approche originale développée conjointement par le Laboratoire de Chimie des Protéines (LCP) du CEA Grenoble et l'INRIA Rhône-Alpes. Dans cette approche l'analyse automatique des spectres de masses produit une « étiquette peptidique » constituée d'une courte séquence d'acides aminés et des masses des deux séquences flanquantes ; il s'agit alors de rechercher, sur le génome de l'organisme étudié, les régions susceptibles de coder ce fragment de protéine représenté par l'étiquette. La démarche consiste ainsi à « remonter » des protéines présentes dans le mélange aux régions codantes correspondantes dans le génome. Il s'agit donc d'une démarche expérimentale qui vise à compléter la démarche d'annotation in silico.

Une mise en forme en XML/SMIL a été réalisée par Pierre Jancène. Pour visionner ce document, RealPlayer était utilisé à l'origine, les évolutions logicielles ne permettent malheureusement plus de le lire.

La vidéo de l'orateur reste cependant accessible, au format Real, lisible avec RealPlayer ou VLC (durée : 41 min).

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