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Delphine Ropers, profession : détective scientifique

Delphine Ropers enquête… Elle s’applique à comprendre, analyser, modéliser les réseaux de régulation cellulaire chez les bactéries. Pour cela, elle utilise des outils mathématiques et informatiques et lit des liasses d’informations. Au final ? Une recherche pleine d’imprévus.

© INRIA / Photo Kaksonen.

À Nancy, sa ville natale, elle suit un parcours scolaire « un peu bizarre » comme elle l’avoue bien volontiers. Delphine Ropers a toujours aimé les mathématiques et la biologie. Elle se rappelle son initiation au collège à la biologie moléculaire et au fonctionnement des gènes, et s’en amuse encore : « J’ai été scotchée ! » Si les deux disciplines ne sont pas inconciliables, il n’existe alors aucun cursus adapté. Tant pis ! Elle choisit de « louvoyer un peu selon les années ».

Son bac C (mathématiques et sciences physiques) en poche, elle opte pour des études en biologie et se spécialise en biochimie. Elle prépare une thèse en biologie moléculaire sur le virus VIH-1 (virus de l’immunodéficience humaine, responsable du Sida) et découvre dans la foulée l’informatique grâce à des chercheurs de l’Institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA) qui développent des modèles mathématiques en adéquation avec ses propres résultats expérimentaux. C’est le déclic : grâce à la modélisation, elle peut enfin combiner sa double approche scientifique. Sa thèse achevée, Delphine Ropers cherche tous azimuts un contrat dans le monde entier... et c’est l’INRIA qui répond exactement à ses attentes. « Le hasard complet a voulu que j’atterrisse à Grenoble. » Elle entre à l’INRIA Rhône-Alpes en 2003 dans le cadre de son post-doc et devient chargée de recherche trois ans plus tard.

Aujourd’hui, elle explore le mécanisme d’adaptabilité des bactéries à leur environnement. Elle ne travaille pas seule, elle fait partie d’une équipe pluridisciplinaire appelée « Ibis » qui associe recherche fondamentale et expérimentation, entre l’INRIA et le laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes de l’université Joseph Fourier. « Ibis » est un double hommage à la représentation comme volatile de Thot, dieu égyptien de la mesure et de la régulation des événements, et à la faculté de l’oiseau à s’adapter aux cataclysmes environnementaux. L’équipe Ibis a été formée cette année et se compose de vingt personnes, pour moitié des chercheurs de l’INRIA. Delphine Ropers est à cheval entre les deux thématiques : elle « formalise les questions biologiques fournies par le laboratoire expérimental et les analyse avec des outils mathématiques et informatiques ».

Décrypter les stratégies de survie des bactéries

Les bactéries réservent bien des surprises. Ainsi, celles du type Escherichia coli rencontrent rarement des conditions de croissance constantes, elles subissent des perturbations environnementales multiples (variations de température, nutrition, oxygène...) qui leur causent un stress important auquel elles doivent faire face pour croître de manière optimale. Et généralement, elles ne sont pas à court d’arguments pour surmonter des chocs désagréables. Delphine Ropers le reconnaît volontiers : « en biologie moléculaire, des chercheurs du monde entier travaillent depuis cinquante ans, notamment autour de mes thématiques, pour identifier gènes et métabolites — substances formées au cours du métabolisme — impliqués dans les mécanismes d’adaptation. Nous disposons aujourd’hui d’un nombre conséquent d’informations. Mais il nous manque une vue d’ensemble. Il nous faut développer des modèles qui simulent le fonctionnement de la bactérie pour mieux apprécier l’interaction des différents composants responsables de son adaptabilité ». Les modèles permettent de manipuler des concepts. Ils évoluent sans cesse, répondent à une question bien précise qui appelle d’autres questions et d’autres modèles. Mais au final, leur valeur et l’exploitation qui en découle tiennent dans la validation ou non par des expérimentations.

Parce qu’ils se réunissent au moins une fois par semaine, les scientifiques d’Ibis partagent leurs problèmes et acquièrent une culture commune. Delphine Ropers développe : « personne n’est cantonné aux seules expériences ou aux seules questions mathématiques ou solutions informatiques. Les uns savent ce que font les autres. Et puis, on commence à voir des étudiants "hybrides" capables de travailler à part égale dans les deux domaines ». Du reste, Ibis a déjà accueilli des étudiants chinois, algérien, américain et travaille avec des chercheurs italien, néerlandais, allemand... Autant de rencontres qui renforcent l’intérêt commun du groupe au sein duquel Delphine Ropers « glane sans cesse de la satisfaction ». D’autant que si la recherche sur la bactérie E. coli reste encore très fondamentale, des applications médicales et biotechnologiques sont envisageables. En effet, la démarche méthodologique menée chez cette bactérie généralement inoffensive peut servir d’étude pour une bactérie pathogène. Un pari sur l’avenir aussi palpitant que le sentiment d’une victoire personnelle et intellectuelle que Delphine Ropers ressent à chaque problème résolu.

Pour en savoir plus, nous vous proposons quelques liens.

Cet article est paru dans la revue DocSciences n°8 Le numérique et les sciences du vivant, éditée par le CRDP de l'Académie de Versailles en partenariat avec l'INRIA.

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