À propos de la phylogénie moléculaire

On dit de deux gènes qu’ils sont homologues s’ils descendent d’un même gène ancestral. Dans ce cas, leurs séquences sont généralement proches et c’est ainsi qu’on les identifie. Lorsque l’on découvre un nouveau gène, la toute première opération est de rechercher dans les banques tous les gènes qui lui sont homologues. Si, par chance, l’un d’eux a déjà été étudié, on pourra inférer (plus ou moins, on va le voir) que ces propriétés sont communes à l’ensemble de ses homologues.

La difficulté cependant, c’est que la fonction des gènes peut évoluer. Notamment, lorsqu’un gène est dupliqué au sein d’un même organisme, il est fréquent qu’une des deux copies acquière une nouvelle fonction, tout simplement parce que la première fonction est déjà assurée par l’autre copie. On dit de ces deux gènes qu’ils sont paralogues.

À l’inverse, deux gènes sont orthologues si l’histoire évolutive qui les sépare ne comporte aucun événement de duplication. Il est alors très vraisemblable qu’ils aient la même fonction. Pour déterminer l’histoire d’une famille de gènes homologues et identifier les événements de duplication, on fait appel à la phylogénie moléculaire, qui va donc permettre de déterminer les relations de proximité fiables (les orthologies) entre gènes, et par là même, de transférer les propriétés connues d’un gène sur l’ensemble de ses orthologues.